Ngoài sự thật rằng ông được sinh ra ở Smithfield, London, con trai của Inigo Jones, một công nhân vải người xứ Wales, và đã rửa tội tại nhà thờ St Bartholomew-the-Less, người ta biết rất ít về những năm đầu của Jones. Ông đã không tiếp cận nghề kiến trúc theo cách truyền thống, cụ thể là bằng cách vươn lên từ một nghề thủ công hoặc thông qua tiếp xúc sớm với Văn phòng Công trình, mặc dù có bằng chứng cho thấy Christopher Wren có được thông tin ghi lại Jones là một người tham gia tập sự trong Nhà thờ St Paul.[3] Tại một số thời điểm trước năm 1603, một người bảo trợ giàu có (có thể là Bá tước Pembroke hoặc Bá tước của vùng đất ngập tràn) đã gửi ông đến Ý để học vẽ sau khi bị ấn tượng bởi chất lượng của bản phác thảo. Từ Ý, ông đến Đan Mạch, nơi ông làm việc cho Vua Christian trong việc thiết kế các cung điện của Rosenborg và Frederiksborg.[4]